Малая эмблема Главного управления Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации—изображение серебряной трехпламенной гренады на стилизованном цветке красной пятилепестковой гвоздики, лепестки которой имеют по пять зубцов и окаймлены серебряным кантом.
Средняя эмблема Главного управления Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации — изображение малой эмблемы Главного управления Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации в чёрном геральдическом щите (щит фигурный, заостренный в оконечности, с волнистым заострением в середине головной части, скошенными верхними углами и боковыми сторонами, вогну тыми в верхней части и закругленными в нижней).
Большая эмблема (герб) Главного управления Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации— изображение средней эмблемы Главного управления Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации, обрамлённой серебряным венком овальной формы в виде стилизованного исторического шитья на мундирах офицеров Генерального штаба России; в верхней части венка —эмблема Вооружённых Сил Российской Федерации.
Элементы эмблем символизируют:
трёхпламенная гренада (исторический знак гренадеров - наиболее подготовленных военнослужащих элитных подразделений русской армии. отличающихся высоким боевым мастерством, выучкой и способностью выполнять сложные боевые и служебные задачи) - продолжение славных боевых традиций русской армии;
красная гвоздика (символ стойкости, преданности, непреклонности и решимости в достижении поставленных целей) - важнейшие качества военнослужащих Управления, соединений и воинских частей специального назначения Вооруженных Сил Российской Федерации;
меч (традиционный символ вооруженной борьбы) - руководство и координацию специальной деятельности;
стрела (символ целеустремленности и боевой готовности) - постоянную готовность соединений и воинских частей специального назначения Вооруженных Сил Российской Федерации к выполнению специальных задач в особых условиях;
форма геральдического щита - ранг Управления как центрального органа военного руководства;
черный цвет (символ благоразумия и постоянства) геральдического щита - традиционный цвет приборного сукна военной одежды офицеров Генерального штаба России;
эмблема Вооруженных Сил Российской Федерации - принадлежность к Вооруженным Силам Российской Федерации;
венок (символ славы и почета) - продолжение традиций верности воинскому долгу.