Rzeka Czernica wypływa z jeziora Mauda w województwie warmińsko-mazurskim, płynie w kierunku północnym, przekracza granicę państwową z Litwą, a następnie z Rosją i po 4 km wpada do Jeziora Wisztynieckiego w obwodzie kaliningradzkim.
Źródła rzeki znajdują się na wysokości około 250 m.
Szerokość rzeki w dolnym biegu wynosi około 5 m, głębokość 0,5 m.
Średnia wysokość rzeźby koryta to 240 m.
Czernica nie posiada nazwanych dopływów.
Nachylenie koryta rzeki wynosi 7,2 m/km (jedna z najbardziej stromych spośród wszystkich rzek granicznych obwodu kaliningradzkiego), gęstość sieci zlewni rzecznej wynosi 0,8 km/km2.
Zlewnia rzeki należy do Pojezierza Wisztynieckiego.